Hülsenfrüchte enthalten beachtliche Mengen an Ballaststoffen. Allerdings schwanken die Werte stark, je nachdem, ob es sich um geschälte oder ungeschälte Samen handelt. Die Schale enthält überwiegend unlösliche Ballaststoffe, vor allem Zellulose. Im Inneren finden sich vor allem lösliche Ballaststoffe.

Auch der Gehalt an Vitaminen ist hoch, vor allem B-Vitamine wie Thiamin (Vitamin B1), Riboflavin (Vitamin B2) und Folsäure. Ein Manko der Hülsenfrüchte ist, dass sie relativ lange gekocht werden müssen und darum – mit Ausnahme der frischen Hülsenfrüchte – kaum noch hitzeempfindliche Vitamine wie die B-Vitamine enthalten. Diesem Defizit kann man durch die Kombination mit frischem Gemüse wie Paprika, Sellerie und Möhren entgegenwirken. Bei den Mineralstoffen sind vor allem Kalium, Magnesium und Eisen zu nennen. Einige Hülsenfrüchte sind reich an sogenannten Saponinen. Das sind seifenähnliche Substanzen, die zur Gruppe der Sekundären Pflanzenstoffe zählen und möglicherweise eine Krebs hemmende, antibakterielle und Cholesterin senkende Wirkung aufweisen. Andere Studien zeigen jedoch, dass sie in hohen Dosen hämolytisch wirken, also rote Blutkörperchen auflösen können. Sojabohnen enthalten viel Phytoöstrogene, die im Körper ähnlich wie Hormone wirken können (s.u.).

Sojabohnen sind die proteinreichsten Hülsenfrüchte. In verzehrfertiger Form enthalten sie etwa 11 Prozent Protein, das zudem vom Körper sehr gut verwertet werden kann. Getrocknete Samen haben sogar einen Proteingehalt von knapp 40 Prozent und einen Fettgehalt von rund 18 Prozent. Deshalb finden Sojabohnen in der Lebensmittelindustrie als Rohstofflieferanten auch vielfache Verwendung.

Aufgrund ihres hohen Fettgehaltes dienen Sojabohnen auch als Ölsaat, also zur Gewinnung von Pflanzenöl. Die Zusammensetzung des Öls ist aus gesundheitlicher Sicht vorteilhaft, denn es hat einen hohen Gehalt an Omega-3-Fettsäuren (8 Prozent) und Linolsäure (53 Prozent). Wie alle pflanzlichen Öle enthält Sojaöl kein Cholesterin. Neben den Hauptnährstoffen enthalten Sojabohnen auch reichlich Vitamine, vor allem die der B-Gruppe und Mineralstoffe wie Magnesium.

Eine Besonderheit von Sojabohnen ist ihr hoher Gehalt an sogenannten Isoflavonen, die zur Gruppe der Phytoöstrogene gehören. Es wird vermutet, dass diese Substanzen eine hemmende Wirkung bei der Entstehung von Herz-Kreislauf-Erkrankungen haben. In asiatischen Ländern mindert eine erhöhte Zufuhr von (Soja-)Isoflavonen offenbar das Risiko für Brust- und Prostatakrebs. In Europa konnten diese Effekte bisher aber nicht bestätigt werden. Ob Isoflavone auch gegen die typischen Beschwerden in den Wechseljahren wie Hitzewallungen helfen können, ist noch nicht abschließend geklärt. In Form von Nahrungsergänzungsmitteln werden sie als natürliche Alternative zur ärztlich verordneten Hormontherapie angeboten. Nach Ansicht des Bundesinstituts für Risikobewertung (BfR) können sich solche Präparate sogar nachteilig auswirken. Im Rahmen einer normalen Kost mit Soja, so das BfR, ist die Aufnahme von Isoflavonen bei üblichen Verzehrmengen allerdings unbedenklich.